Secara substansi pertanian organik bukanlah barang baru. Sebelum  ditemukan pupuk dan obat-obatan kimia sintetis, bisa dikatakan semua  kegiatan produksi pertanian merupakan pertanian organik. 
Adalah Sir Albert Howard, seorang ahli botani asal Inggris, yang  mengagas pertanian organik secara lebih sistemastis. Bukunya yang terbit  pada tahun 1940, berjudul �An Agricultural Testament�,  telah menginspirasi gerakan pertanian organik diberbagai belahan bumi.  Atas alasan itu, dia disebut-sebut sebagai bapak pertanian organik.
Di Indonesia pertanian organik mulai populer di era 80-an. Dimana  gerakan revolusi hijau yang digagas pemerintah pada akhir tahun 70-an  mulai menunjukkan dampak negatifnya. Penggunaan pupuk dan obat-obatan  kimia dituduh sebagai pemicu kerusakan lingkungan pertanian dan  kesehatan manusia.
Ada banyak dasar pemikiran yang memotivasi seorang petani  mempraktekkan pertanian organik. Praktek yang paling ekstrim bahkan  sangat meminimalkan intervensi manusia. Petani hanya bertugas sebagai  penebar benih dan pemetik hasil saja. Ada juga yang sangat longgar,  masih mentoleransi penggunaan bahan-bahan kimia sintetis tertentu  apabila diperlukan.
Berdasarkan penulusuran tim alamtani terhadap praktek-praktek  pertanian organik, setidaknya terdapat kaidah-kaidah utama yang harus  dipatuhi. Berikut uraian singkatnya:
Penyiapan lahan
Lahan untuk pertanian organik harus terbebas dari residu pupuk dan  obat-obatan kimia sintetis. Proses konversi lahan dari pertanian  konvensional ke pertanian organik membutuhkan waktu setidaknya 1-3  tahun. Selama masa transisi, produk pertanian yang dihasilkan belum bisa  dikatakan organik karena biasanya masih mengandung residu-residu kimia.
Hal lain yang harus diperhatikan adalah lingkungan disekitar lahan.  Pencemaran zat kimia dari kebun tetangga bisa merusak sistem pertanian  organik yang telah dibangun. Zat-zat pencemar bisa berpindah ke lahan  organik kita karena dibawa oleh air dan udara. 
Selain zat pencemar, pemakaian obat-obatan dari kebun tetangga bisa  menyebabkan hama dan penyakit lari ke lahan pertanian organik. Tentunya  hama akan mencari lahan-lahan yang bebas racun, dan sialnya kebun  organik akan menjadi sasaran empuk.
Untuk menyiasati hal tersebut, bisa menggunakan tanaman pagar.  Beberapa jenis tanaman pagar memiliki kemampuan sebagai penyerap bau,  bahan kimia, dan pengusir hama. Selain itu, hijauan dari tanaman pagar  bisa digunakan sebagai bahan pupuk organik.
Kondisi pengairan
Kondisi pengairan atau irigasi menjadi penentu juga dalam pertanian  organik. Akan menjadi sia-sia apabila kita menerapkan pertanian organik  sementara air yang mengaliri lahan kita banyak mengandung residu bahan  kimia. Tentunya lahan kita beresiko tercemar zat-zat tersebut. Pada  akhirnya produk pertanian organik kita tidak steril dari racun-racun  kimia.
Untuk mengakali hal ini, pilih lahan yang mempunyai pengairan  langsung dari mata air terdekat. Kalau sulit kita bisa mengambil air  dari saluran irigasi yang agak besar. Kadar residu kimia dalam saluran  air yang besar biasanya sangat rendah, dan airnya masih bisa digunakan  untuk pertanian organik. Hindari mengambil air dari limpahan kebun atau  sawah konvensional.
Selain itu, bisa juga dibuat unit pemurnian air sendiri. Air dari  saluran irigasi ditampung dalam sebuah kolam yang telah direkayasa.  Kemudian air keluaran kolam dipakai untuk mengairi kebun organik.
Penyiapan benih tanaman
Benih yang digunakan dalam pertanian organik harus berasal dari benih  organik. Apabila benih organik sulit didapatkan, untuk tahap awal bisa  dibuat dengan memperbanyak benih sendiri. Perbanyakan bisa diambil dari  benih konvensional.
Caranya dengan membersihkan benih-benih tersebut dari residu  pestisida. Untuk menjadikannya organik, tanam benih tersebut lalu  seleksi hasil panen untuk dijadikan benih kembali. Gunakan kaidah-kaidah  pemuliaan dan penangkaran benih pada umumnya.
Jangan mengawetkan benih dengan pestisida, fungisida atau  hormon-hormon sintetis. Gunakan metode tradisional untuk mengawetkannya.  Benih yang dihasilkan dari proses ini sudah bisa dikatakan benih  organik.
Hal yang perlu dicatat, benih hasil rekayasa genetika tidak bisa digunakan untuk sistem pertanian organik.
Pupuk dan penyubur tanah
Pemupukan dalam pertanian organik wajib menggunakan pupuk organik.  Jenis pupuk organik yang diperbolehkan adalah pupuk hijau, pupuk  kandang, pupuk kompos dan variannya, serta pupuk hayati. Untuk  mengetahui lebih detailnya silahkan baca jenis-jenis pupuk organik.
Pertanian organik juga bisa menggunakan penyubur tanah atau disebut  juga pupuk hayati. Penyubur tanah ini merupakan isolat bakteri-bakteri  yang bisa memperbaiki kesuburan tanah. Saat ini pupuk hayati banyak  dijual dipasaran seperti EM4, Biokulktur, dll. Pupuk hayati juga bisa  dibuat sendiri dengan mengisolasi mikroba dari bahan-bahan organik.
Dalam permentan bahan-bahan tambang mineral alami seperti kapur dan  belerang masih ditoleransi untuk digunakan pada pertanian organik.  Berikut daftar bahan mineral yang bisa digunakan dalam pertanian  organik:
- Dolomit
- Gipsum
- Kapur khlorida
- Batuan fosfat
- Natrium klorida
Pengendalian hama dalam pertanian organik sebaiknya menerapkan konsep  pengendalian hama terpadu. Hal-hal yang terlarang adalah menggunakan  obat-obatan seperti pestisida, fungisida, herbisida dan sejenisnya untuk  membasmi hama.
Pengendalian organisme penganggu tanaman bisa memanfaatkan:
- Pemilihan varietas yang cocok
- Rotasi tanaman
- Menerapkan kultur teknis yang baik, seperti pengolah tanah, pemupukan, sanitasi lahan, dll.
- Memanfaatkan musuh alami atau predator hama
- Menerapkan eksosistem pertanian yang beragam, tidak monokultur
Apabila terpaksa, misalnya terjadi ledakan hama atau penyakit, bisa  digunakan juga pemberantasan hama dengan pestisida alami atau pestisida  organik. Silahkan baca mengenai pestisida organik.
Penanganan pasca panen
Proses pencucian atau pembersihan produk hendaknya menggunakan air  yang memenuhi standar baku mutu organik. Hindari air yang sudah tercemar  zat-zat kimia sintetsis. Gunakan juga peralatan yang tidak  terkontaminasi zat-zat kimia.
Dalam penyimpanan dan pengangkutan produk organik sebaiknya tidak  dicampur dengan produk non organik. Untuk memberikan nilai tambah,  sebaiknya kemas produk-produk organik dengan bahan yang ramah lingkungan  dan bisa di daur ulang.
Sertifikasi pertanian organik
Untuk kepentingan pemasaran dan meningkatkan kepercayaan konsumen,  ada baiknya produk organik disertifikasi. Dewasa ini banyak lembaga yang  bisa memberikan sertifikasi organik. Mulai dari yang berbayar hingga  gratis.
Kedepannya, Permentan Sistem Pertanian Organik akan mengatur  lembaga-lembaga sertifikasi organik. Tujuannya untuk memudahkan kontrol  dan melindungi konsumen pangan organik. Sebagai petani produsen, kita  harus pandai-pandai dalam memilih sertifikasi organik. Kita harus bijak  dalam mengeluarkan biaya sertifikasi. Jangan sampai biaya sertifikasi  menjadi beban.
Selain sertifikasi, bisa dikembangkan alternatif lain untuk  meyakinkan konsumen dengan kampanye. Misalnya gerakan untuk membeli  pangan lokal, semakin lokal semakin baik. Jalinlah komunikasi dengan  konsumen secara langsung. Undanglah sesekali konsumen untuk melihat  kebun produksi. Know your farm is know your food!
Pemasaran pertanian organik
Pola pemasaran produk pertanian organik bisa menggunakan pola lama  ataupun pola-pola baru. Hasil pertanian organik masih bisa bersaing  dipasar konvensional, karena meski biaya operasionalnya lebih besar tapi  inpu-input produksinya lebih murah. Namun apabila ingin mendapatkan  insentif harga sebaiknya dijual ke pasar moderen atau penjualan  langsung.
- Pasar tradisional Pasar ini merupakan pasar pertanian tertua. Untuk memasok pasar jenis ini biasanya melalui rantai para pedagang pengepul dan tengkulak yang ada sampai hingga ke pelosok desa. Kelebihan sistem ini adalah mudah. Petani tidak harus jemput bola tinggal nunggu di lahan, bahkan biasanya proses panen pun dilakukan pedagang pengepul.Banyak petani yang lebih nyaman dengan sistem ini karena kemudahan tersebut. Bahkan beberapa tengkulang dan pengepul mau meminjamkan modal untuk produksi musim tanam berikutnya. Walaupun seringkali hal ini menjadi jeratan bagi petani.Kelemahan dari sistem ini adalah harganya yang rendah. Apalagi bila produk pertanian dibeli dengan sistem ijon atau dibeli sebelum panen.
-  Pasar moderenAda dua pola untuk memasuki pasar moderen, yaitu dengan memasoknya langsung dan melalui perusahaan pemasok. Untuk memasok langsung, produsen harus memiliki modal dan relasi yang cukup. Karena biasanya barang yang masuk tidak dibayar secara langsung. Hal ini bisa disiasati dengan membentuk koperasi petani organik.Sebagian petani organik, ada juga yang menjual hasil panennya ke perusahaan pemasok pasar moderen. Dalam hal ini yang mempunyai kontrak dengan pasar moderen adalah perusahaan pemasok. Petani menjual kepada perusahaan pemasok.
- Penjualan langsung Alternatif dari sistem-sistem pemasaran diatas adalah dengan melakukan penjualan langsung. Petani memasarkan hasil panen secara langsung ke konsumen. Biasanya dalam bentuk paket-paket yang disesuaikan dengan hasil panen.Paket dikirimkan langsung ke konsumen yang berlangganan. Jenis dan maca sayuran disesuaikan antara kebutuhan konsumen dan musim tanam. Untuk menjalankan sistem seperti ini, petani wajib menerapkan sistem multiklutur agar produk yang dihasilkan tidak monoton. Kalau sulit dipenuhi sendiri, petani produsen bisa membentuk kelompok.
